財政專戶管理的資金核算范圍請參見《財務會計》中的資金。

總分類賬核算財政專戶管理基金收入、事業單位上繳財政專戶管理基金、財政專戶管理基金專用賬戶存款利息收入。財政專戶管理資金由財政專戶管理資金支出撥付給事業單位。財政專戶管理基金余額財政專戶管理基金收入減去財政專戶管理基金支出后的余額。會計分錄收到財政專戶管理資金：其他財政存款：——財政專戶管理資金存款貸款：撥付給用戶的財政專戶管理資金收入：財政專戶管理資金支出貸款：其他財政存款：——財政專戶管理資金存款預撥給用戶的資金，借：其他應收款貸款：其他財政存款：——財政專戶管理資金存款預算核定后，根據核定的預算，通過財政專戶管理資金支出貸款：其他應收款。對于沒有批準預算的部分，收回預撥款時進行抵銷其他應收款的會計處理。上級轉撥補充下級財政專戶管理資金上級財政會計：借：補助支出——財政專戶管理資金補助支出貸：其他財政存款——財政專戶管理資金存款下級財政會計：借：其他財政存款——財政專戶管理資金存款貸：補助收入——財政專戶管理資金補助收入年終結轉收入結轉：借：財政專戶管理資金收入補助。收入——財政專戶管理基金補貼收入貸：財政專戶管理基金結轉余額支出結轉：借：財政專戶管理基金結轉余額貸：財政專戶管理基金支出補貼支出——財政專戶管理基金補貼支出